本尊十一面千手観世音菩薩を祭る八角円堂は、藤原京を見渡せる同寺の一番見晴らしのいい場所に立つ。その立地から、藤原京を完成させた持統天皇の霊を弔うために建てられた、との説があるという。

　中国の都城に倣ったといわれる藤原京は、南に位置する高取山を聖山とし、宮の中心部と結んだ中軸線に天武持統陵や高松塚古墳、キトラ古墳など、天皇や皇子級の古墳が集中、「聖なるライン」と呼ばれてきた。壷阪寺はその終着点になるのだという。