正暦寺は992(正暦3)年、一条天皇の発願で創建された。「乙巳の変」(645年)以降、天皇家に親戚を増やし勢力を拡大していた藤原氏の中で、跡継ぎ争いから逃す人物を僧侶として預かり、政治以外の学問、文化を学ばせる場として栄えた。

　主に京都からやってくる藤原家の出家者が都を恋しく思わないように、奈良では珍しく京都の文化に染められた寺となった。

　信仰の部分でも京都の祇園信仰に倣い、インドの祇園精舎の守護神である牛頭天王をかつては山頂に祭っていたという。本尊は病に御利益がある薬師如来で、疫病から守ってくれる牛頭天王と共通する。